почитал тут http://users.tpg.com.au/j_birch/plugins/superfish/ но не смог разобраться,
на вашей демке не смог проверить, не получается в админке создать нужную структуру меню, изменения не сохраняются. Но попробовал залить у себя дефолтные scin.css и superfish.css, ничего не поменялось.
Вобщем на скриншотах все видно, чередование цветов на бэкграунде меню работает до второго уровня вложения, а на третьем работает только если родительский элемент темный -(2.png) Если родительский элемент светлый, то третий уровень меню тоже остается весь светлый, без чередования полос - (1.png)
ps И еще, в flexslider.css надо уменьшить значение z-index минимум до 98 у .flex-direction-nav, иначе навигационные элементы слайдера вылезают поверх выпадающего меню, при его достаточной длине.